在密林的深处，
像是与世隔绝一般……抑或说是潜藏着一般，杜之宫学园矗立于此。
世上的许多人，用另一种方式来称呼那所学校：

疗养院（Sanatorium）。

这个学院里聚集了来自世界各地的少年少女。
他们身上寄宿着，使他们连正常生活都变得无比困难之物……扭曲的『恩赐（Gift）』，这所学校乃是他们最后的容身之所。
接受着学院运营的『恩赐』研究组织，『让叶机构』的保护。

因为，他们的力量是上天所赐的祝福与恩惠。
畏惧神所赐的奇迹，乃是不被允许之事，
那意味着对神的意志的否定、乃至对神所创的这个世界的否定。

主人公少年、小早川祈也是因为被发现『恩赐』而被招入杜之宫学园的人之一。
他身上所发现的特征是，
『除了自己决定的一件事以外，不能留下其他的记忆』
是个非常奇怪的东西。

「你并不会忘记一切，但只能记住唯一一件事」
「我（ボク）预想着，找到那唯一的一件事，大概就是你在这个学园里唯一所应完成之事」
从某人口中所得的这句话，是他目前唯一的指引。

一边烦恼着这终生的『枷锁』……一边将孤独深埋心中，一边在封闭的学园里过着安静生活的主人公。
一位插班生，御厨恋，出现在了他的面前。
“我不想轻易放弃任何事物。我希望在这个地方体验青春的喜悦”，她面带笑容说道。
随之而来的下一句话是，“我马上就要死了”。

这是一个质疑命运的意义的故事。
神明确确实实地存在于此，并不断地向少年们发问——