白巳津川(しろみつがわ)市，唯一的特色也就僅僅只有作為學園都市這點了。
升級後不久主人公周遭發生了變化。
由於大地震，神社中祭祀白蛇九十九的神器破損，來源於異世界的不可思議的裝飾品“アーティファクト”（Artifact）流入了這個世界。
發生了使用超出人類認知範疇的力量，將人石化的事件。
深知石化事件的犯人就是持有“魔眼アーティファクト”之人，主人公“新海翔”和同班同學“九條都”以及妹妹“新海天”一起開始了對連續石化事件的調查。
在調查中，和自稱「リグ、ヴェーダ」的アーティファクト使用者組織發生了沖突。
而在「リグ・ヴェーダ」的成員中，竟然發現了學園前輩“香阪 春風”的身影。
魔眼所有者的真實身份。ソフィーティア的秘密。
秒回異能覺醒的少男少女的故事終於漸入佳境。